Search Repository Universitas Fort De Kock

Bakteri Staphylococcus aureus merupakan bakteri yang resisten terhadap banyak antibiotik terutama terhadap golongan betalaktam yang memiliki target terhadap dinding sel bakteri. Bawang merah digunakan sebagai obat tradisional karena mengandung senyawa yang mempunyai efek antiseptic, antimikroba, dan antibakteri. Molecular docking dapat memprediksi bagaimana protein (reseptor) berinteraksi dengan senyawa bioaktif (ligan). Tujuan Penelitian ini adalah untuk mengetahui sifat ligan, menganalisis interaksi ligan dengan reseptor dinding sel Staphylococcus aureus, dan menganalisis kuat ikatan antara ligan dan reseptor. jenis penelitian adalah pre experimental design berbasis komputer yang di lakukan secara in slico dari senyawa antibakteri pada bawang merah (Allium cepa L). dengan menggunakan perangkat lunak Autodock vina, Avogdro,Biovia Discovery Studio, Pymol, Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical Databases, PubChem.Analisis ini digunakan untuk interaksi antara ligan dan reseptor yang ditampilkan dalam bentuk tabel. Berdasarkan hasil yang diperoleh ligan Quercetin 3,4-DI-O-Beta-D-Gluoside, Dially Trisulfide, Dially Tetrasulfide, Dially Disulphide, dan Kamferol memiliki nilai afnitas energi pengikatan rendah sebagai antibakteri. sifat ligan ligan Quercetin 3,4-DI-O-Beta-D-Gluoside, Dially Trisulfide, Dially Tetrasulfide, Dially Disulphide, dan Kamferol terhadap sisi pengikatan pada protein Staphylococcus aureus rendah sebagai antibakteri. Pada ligan ligan Quercetin 3,4-DI-O-Beta-D Gluoside, Dially Trisulfide, Dially Tetrasulfide, Dially Disulphide, dan Kamferol terhadap protein Staphylococcus aureus dapat berinteraksi dengan asam amino dan membetuk ikatan van der waals, ikatan hidrogen. Ikatan antara ligan ligan Quercetin 3,4-DI-O-Beta-D-Gluoside, Dially Trisulfide, Dially Tetrasulfide, Dially Disulphide, dan Kamferol dengan reseptor Staphylococcus aureus memiliki nilai affinitas pengikat yang rendah sebagai antibakteri.

Staphylococcus aureus is a strain of bacteria that exhibits resistance to numerous antibiotics, particularly those in the beta-lactam group, which target bacterial cell walls. Shallots, recognized for their antiseptic, antimicrobial, and antibacterial properties, have been employed in traditional medicine. Molecular docking is a computational technique that predicts interactions between proteins (receptors) and bioactive compounds (ligands). This study aims to characterize ligands, analyze their interactions with the cell wall receptor of Staphylococcus aureus, and assess the strength of bonds between the ligands and the receptor. Employing a computer-based pre-experimental design, the investigation utilized Autodock Vina software, Avogadro, Biovia Discovery Studio, Pymol, Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical Databases, and PubChem to analyze antibacterial compounds present in shallots (Allium cepa L). The outcomes of ligand-receptor interactions are presented in tabular format. The results indicate that ligands such as Quercetin 3,4-DI-O-Beta-D-Gluoside, Dially Trisulfide, Dially Tetrasulfide, Dially Disulphide, and Camferol exhibit low binding energy affinities, suggesting their potential as antibacterial agents. These ligands manifest properties that enable interaction with amino acids in the binding site of Staphylococcus aureus proteins, forming van der Waals and hydrogen bonds. The binding between Quercetin 3,4-DI-O-Beta-D-Gluoside, Dially Trisulfide, Dially Tetrasulfide, Dially Disulphide, and Camferol ligands and Staphylococcus aureus receptors demonstrates low binding affinity, signifying their antibacterial potential.